颜子壹

Ziyi Yan · 吉林大学 计算机科学与技术学院 · 中国 长春

关于

吉林大学计算机科学与技术学院本科生。

研究兴趣在计算生物学与机器学习的交叉处:把几何与物理先验、深度学习方法结合起来预测 RNA(尤其是环状 RNA)的三维结构,再把这些结构映射到免疫活性与药物设计上。同时也做多模态情感识别与仿生智能体方向的工作。

目前参与 iGEM 2026 队伍 JLU-FBH 的干实验工作。

研究方向

结构预测

circRNA 三维结构

环状 RNA 因缺少 5′/3′ 末端,常规的线性折叠算法不直接适用。工作围绕环面(toroidal)流形上的几何表示展开:二级结构共识、分段多预测器折叠、粗粒化复制交换分子动力学与元动力学采样,最后做全原子重建与校验。

RNA structureOpenMM AmberToolsViennaRNA PyTorch
免疫活性

结构 → 免疫指纹

把预测出的三维结构转换为可计算的免疫相关指纹(PKR 结合、m6A 修饰、TLR7 识别、NLRP3 炎症小体、miRNA sponge),让“结构”这一中间量能被下游的药代动力学与免疫应答模型直接消费。

计算药理

小样本药物发现

针对环状 RNA 药物候选在小样本条件下的筛选问题,用自适应的混合专家(MoE)架构结合药代动力学动力学建模。

MoEMamba PharmacokineticsSmall-sample
情感计算

微表情识别

仿生双通道的微表情识别系统,引入受生物机制启发的混合专家结构(BioMoE)处理面部动作单元的细粒度时序变化。

研究工作

结构预测

Torusfold-physics

Physics-based 3D structure prediction for long circular RNA · iGEM 2026, Team JLU-FBH

长链 circRNA 的基于物理的三维结构预测管线:二级结构共识、分段多预测器折叠、粗粒化 REMD + 元动力学、全原子重建。仓库附带一个 2,013 nt 的全原子模型及其数值复现校验脚本。

结构预测

TorusFold-scheme2-rl · torusfold-preview

环形拓扑表示 · 强化学习补长程配对

在环形拓扑上做三维重建的分支工作:以图距离判定远端配对,用 MCTS 与策略网络补齐长程碱基配对中局部最优容易遗漏的部分。

可复现

TorusFold-repro

circRNA 三维结构预测完整管线的可复现仓库

从一条 circRNA 序列出发,产出与服务端完全一致的评分 JSON(physical / immune / circDesign / rsRNASP1)并附 3D 结构(粗粒化 + 全原子 PDB)。只保留复现所需的全部内容,不含前端。

药物发现

confluencia · Confluencia-3.0

Adaptive MoE with Pharmacokinetic Dynamics

面向小样本 circRNA 药物发现的自适应混合专家框架,把药代动力学动态显式建模进模型的推理链路,并集成多尺度肿瘤演化仿真(含 PhysiCell 协同仿真)。

药物发现

confluencia-nomad-addon

离线优先平台的筛选插件

为 Project N.O.M.A.D 写的 Confluencia 插件,让环状 RNA 治疗候选筛选能在离线优先的环境里跑。

情感计算

Censor-MER

仿生双通道微表情识别系统 with BioMoE

微表情识别系统。双通道特征提取配合生物启发的专家混合结构。

联邦学习

BenchSide

Privacy-preserving social resilience prediction

面向研究生的隐私保护社会韧性预测系统:用联邦图神经网络在不汇聚原始数据的前提下建模社交支持结构,并以带安全约束的强化学习反馈做对齐。

生信工具

bioease

R · 生物信息学数据分析工具

支持 TCGA 数据下载、差异表达分析与生存分析的一体化工具链。

科学传播

Archiva · IGEM-DryLab-Ambassador

iGEM-FBH 的 AI 虚拟主播 / 干实验推广大使

面向 iGEM 干实验传播的对话式智能体:本地部署、知识库问答(RAG)、情感建模,可接入 Bilibili 直播互动。用于把队伍的研究内容讲给非专业观众。

仿生智能体

Civis Lucri-Faber

Bio-inspired AI Agent

受生物机制启发的智能体架构,把好奇心、元学习、神经调质、表观遗传、代谢约束等十余种机制拆成可插拔模块,观察它们在长时程任务里对行为的影响。

安全

manatrix

LLM-Augmented Autonomous Penetration Testing Framework

用大模型驱动的密码猜测与自动化渗透测试框架:MAMBA + 差分进化 + LLM 做口令生成,RAG 与多专家协同做渗透流程编排。

模型与数据集

模型

硬件

本地

极摩客 EVO-X3

AMD Ryzen AI Max 395(Strix Halo)· Radeon 8060S 核显(gfx1151 / RDNA 3.5)

经历

2026

iGEM 2026 · Team JLU-FBH

干实验(Dry Lab)· Software Track

吉林大学 JLU-FBH 队伍 2026 年 iGEM 项目干实验成员:负责环状 RNA 三维结构预测管线(TorusFold)的设计与实现,以及配套的可复现工具链。

项目仓库:gitlab.igem.org/2026/software/jlu-fbh/torusfold-hybrid

其他项目

联系

欢迎就 circRNA 结构预测、计算药理或相关方向交流。